两岸医师联合特色诊疗中心与两岸中医药传承交流发展运营中心是在国务院台湾事务办公室交流局和国家中医药管理局的指导下，为两岸中医药传承创新发展提供有力支持，搭建运行平台，于2022年9月17日在北京举行揭牌仪式。依托（挂靠）单位为北京朝阳门中西医结合医院。实行一套班子,两块牌子的运行机制。

一、执行委员会

执行委员会为两个中心最高权利机构，由1名主任委员、3名委员组成。

二、领导机构

    领导机构由执行委员会1名委员兼任主任，副主任由主任提名，经执行委员会会议通过后任命产生。

二、办事机构

秘书处：中心日常工作执行机构，负责全面落实中心执行委员会和领导机构办公会决议，在秘书长领导下开展工作。

三、内设部门

办公室：负责日常办公的组织管理，对外联系和接待，文件起草及印章管理，协调部门间分工与合作。

培训部：负责中心以及专业工作部和区域办事处开展的培训工作。

信息部：负责网站、会刊等的管理和对外宣传工作。

学术部：负责中心的学术、评审、技术开发、技术推广与咨询服务等业务工作的策划和组织实施。

志愿者部：传承与传播、弘扬中医精神，以公益行动推动社会健康体系的建立和完善，助推中医事业发展与创新。

社会工作部：对外交流和合作，传承与发扬中医事业，服务于社会。

四、工作机构

工作部：按照专业区分在健康及中医药行业领域进行研究、交流和工作的部门。

工作站：按照区域区分在健康及中医药行业领域进行研究、交流和工作的部门。

基地：按照专业在中医药某一领域设立的学术推广及科研基地。

学组：按照专业区分在某一领域设立的科研、教学学术小组。